突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。

有着血红色头发的高中女生阳子一心想做个好学生，得到周围人的认可。然而在她平静祥和的生活背后却是深沉的压抑与掩饰，一夜夜的梦魇给她带来无尽的烦恼与痛苦。一天，一头金发的男子来到她的面前，把她带入了另一个

山田今日（坂本真绫 配音）和山田明日（金田朋子 配音）是一对感情十分要好的姐妹，虽然母亲早逝，可在父亲的关爱下，姐妹两人的生活尚且可以说是无忧无虑。可是，自从父亲背负了大笔债务人间蒸发后，美好的生活结

最上恭子（井上麻里奈 配音）是个守财奴，她疏于修饰外表，将所有的精力全都放在了打工赚钱上面。在她的心里，有一个男人的地位不得撼动，那就是现在当红的艺人不破尚（宫野守真 配音），幸运的是，他们居然是邻居

人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相